Dikarenakan kondisi cuaca yang sangat-sangat buruk, sesi latihan bebas kedua MotoGP Australia 2016 dibatalkan. FP2 sempat dilangsungkan kurang lebih selama 14 menit, dan selama 14 menit tersebut hanya ada enam rider yang turun ke lintasan. Barbera menjadi yang tercepat diantara enam rider tersebut dengan mencatatkan 1'51.958, sementara itu Rossi berada di posisi keenam dengan catatan waktu 1'58.412.