Balapan Moto3 Jepang 2016 ini berlangsung seru di dua lap terakhir. Pembalap asal Italia, Enea Bastianini berhsil meraih kemenangan pertamanya musim ini usai unggul tipis 0,017 detik saat melintasi garis finish mengalahkan Brad Bindr yang akhirnya harus puas finish di posisi kedua.